1993년 '대한얼굴기형연구회'로 출범한 대한두개안면성형외과학회(초대 회장 박병윤 교수)는 두개악안면의 선천기형 재건에서 시작하여 외상, 종양, 그리고 미용과 관련한 수술적 치료와 재건에 이르기까지 두개안면 분야와 관련된 학술적 발전을 도모한다는 목적과 취지를 가지고 성형외과 전문의들로 구성된 학회이다. 창립 당시 46명의 회원으로 시작하였으며, 2002년 6월 1일부로 정회원 164명으로 정회원 회원증을 제작 발송하였다.

뿌리를 두고 있는 대한성형외과학회는 물론, 대한미용성형외과학회를 비롯한 관련 학회들과의 유기적 관계를 바탕으로 회원들의 학술적 권리가 보장되고 지식적 이익을 얻을 수 있는 전문학회로서 지난 20여 년간의 발전을 통하여 2017년 현재 740명의 정회원과 350여 명의 준회원들을 포함하는 학회로 성장하였다. 창립과 함께 매년 3월, 9월에 정기적으로 집담회와 Workshop을 개최하고 있으며 각 수련병원 전공의들은 학술집담회마다 준회원으로 참석하고 있다. 1998년 9월 5일에 서울중앙병원에서 약 250 명 이상의 회원이 참가하여 1차 대한두개안면성형외과학회 학술대회를 개최하였으며 1999년부터 대한성형외과학회 추계학술대회와 통합하여 개최되고 있다.

2005년부터는 이사장 제도(초대 이사장 나동균 교수)를 도입하여 명실 공히 전문학회로서 구조를 갖추고 정기적인 연 2회(춘계와 추계)의 학술대회를 개최하기 시작하였다. 2009년도(이사장 고경석 교수)부터는 국제적 학술교류를 위하여 해외 연자들이 참여하는 학회로 발전하게 되었고 아울러 보다 심도 있는 학술적 발전을 위하여 연 2회 이상의 소규모 전문학술집담회를 시작하게 되었다. 2011년도(이사장 이삼용 교수)부터는 두개안면 분야의 수련과정에서 꼭 필요하지만 소홀할 수 있는 주제를 가지고 전공의뿐 아니라 젊은 성형외과 전문의들도 대상으로 하는 실기위주의 Workshop을 연 2회에 걸쳐 개최하기 시작함으로써 학술적 분야뿐만 아니라 후학들을 위한 교육에도 학회의 역량을 투자하고 있다.

수년 전부터는 정기적이고 지속적인 해외 학술교류 정책을 추진함으로써 학회의 국제적 위상을 유지 발전시키고 있다. 2010년에 격년으로 개최되는 유럽두개안면학회(EACMFS)의 Guest Society로 처음 참가한 이래로 학회의 학술적 능력을 인정받아 매회 계속해서 초청되고 있으며, 2014년(이사장 김용욱 교수)부터는 이집트성형외과학회(ESPRS)로부터 초청을 받은 이래로 상호 간의 정기 학술대회에 참여하는 학술교류를 지속하고 있다. 2016년(이사장 이병일 교수)에는 국제학술활동을 다각화하기 위해 미국두개안면성형외과학회(ASMS)와의 학술교류를 준비하고 있으며, 이외에도 다수의 외국학회들과의 정기적인 학술교류의 네트워크를 준비해나가고 있다. 학술행사를 통한 교육과 교류와 아울러 공식학술지인 "대한두개안면성형외과학회지"는 2000년 10월호를 창간호로 발행한 이래로 2014년 영문학회지 "Archives of Craniofacial Surgery" 로 개편하여 편집 운영되고 있으며 투고되는 논문의 수가 해를 거듭할수록 증가하여 2014년과 2015년에는 연3회 발행, 2016년도부터는 연 4회로 증편하여 편집 발행되고 있다. 특히 2017년 PMC(PubMed Central)에 등재되어 생명과학분야의 모든 학술연구자들이 세계 어디서나 열람이 가능하도록 되었다. "Archives of Craniofacial Surgery" 는 두개안면 분야와 관련한 전문적인 내용의 논문들로 구성되어 있어서 회원들의 학술활동 촉진은 물론이거니와 논문게재 및 정보공유와 관련된 기회의 장을 넓히고 있다.

향후 두개안면성형외과학회는 이러한 진보와 병행하여 시대의 흐름에 따른 질환 및 진료영역의 변화에 적극적으로 대처해 나가고, 전문성을 갖지 않은 타 의료분야의 지속적인 도전과 부정적 시각을 극복한다는 과제를 품고 있다. 이를 위하여 우선 소수가 아닌 많은 회원들의 학술적 권리가 보장되고 지식적 이익을 얻을 수 있는 다양한 학술행사와 시범적인 프로그램을 통하여 위축되어 있는 분야는 학술적으로 보완-강화하고 안정적인 분야도 변화에 따라 발전할 수 있도록 기획-진행하고 있다. 또한 두개안면성형과 관련된 분야에서 학회가 제공할 수 있는 교육의 기회를 넓힘으로써 미래의 자산인 전공의는 물론 전문의들에게도 학술적으로 도움이 되는 체계적인 워크숍과 집담회 등을 지속적으로 발전시키고, 특히 학회의 학술지가 진일보하기 위하여 투고되는 논문의 충실도를 강화하고, 학술전문성 증진을 유도하여 학술진흥재단 등재지의 등록을 추진하고 있다.